基于微生物鉴定指导原则，微生物鉴定需达到的水平视情况而定，包括种、属鉴定和菌株分型。大多 数非无菌药品生产过程和部分无菌生产环境的风险评估中，对所检出微生物的 常规特征包括菌落形态学、细胞形态学（杆状、球状、细胞群、孢子形成模式 等）、革兰染色或其它染色法、及某些能够给出鉴定结论的关键生化反应（如氧 化酶、过氧化氢酶和凝固酶反应）进行分析，一般即可满足需要；非无菌产品 的控制菌检查一般应达到种属药典规定的水平；无菌试验结果阳性和、无菌生产模拟工艺（如培养基灌装）失败、环境严重异常事件时，对检出的微生物鉴定至少达到种属水平，必要时需达到菌株水平。当终产品应鉴定到菌株水平。