直接由MAH作为临床申请人比较合适，

因为在临床试验期间，可以由变更后的申请人递交临床期间的变更，但不得申请持有人变更。所以在上市前申请名义上都是CRO，但可以由新的持有人直接申请临床期间的变更或上市申报。

同时还涉及到临床试验登记平台上的登记和变更。所以直接由MAH作为临床申请人比较合适。

意思就是，申请IND的申请表，申请人填写是CRO；　那么看临床试验登记是哪家在进行。
如果临床试验登记是以MAH的，对上市许可没有影响　；
如果临床试验登记是CRO，还需要　变更；

可以直接以拟定的MAH进行上市申请，同时可以起草一个说明，说明临床试验申请人（或申办单位）和拟定MAH的申报关系。

你没有很明确为什么会以CRO为主体进行IND申报，所以原因就不猜测了。正常来说我们都是以自己公司为申请人即可，没必要以CRO为主体申报，CRO可以当做研究或者生产单位，而且一般在IND申请也不会体现CRO的名字，就在资料中说明我们委托XX为CRO进行研发生产即可，提供相关材料。这样中间不会涉及到申办者的变化，个人感觉最省事。